Java商城系统需要进行的系统设置包括需求分析、架构设计、数据库设计、安全性配置等。以下是一些具体的系统设置：

1. 需求分析：明确系统需要实现的功能模块，如用户注册与登录、商品展示与搜索、购物车管理、订单生成与支付等。
2. 架构设计：设计一个可扩展、可维护和高性能的系统架构。合理划分模块、组件和层次结构，使用合适的设计模式和技术来满足系统需求。
3. 数据库设计：选择适当的数据库管理系统，进行良好的表结构设计和索引优化，以提高系统的性能和响应速度。
4. 安全性配置：确保实施适当的身份验证和授权机制，以保护用户数据的机密性和完整性。防范常见安全威胁，如SQL注入、XSS跨站脚本攻击、CSRF跨站请求伪造等。
5. 性能优化：使用缓存技术、合理的数据库查询和资源管理策略，以提高系统的响应时间和吞吐量。
6. 错误处理和日志记录：在系统中实施适当的错误处理机制，捕获和处理异常情况，并记录错误日志。
7. 测试和调试：进行全面的测试，包括单元测试、集成测试和系统测试。确保系统的各个功能模块都能正常工作，并修复发现的问题。
8. 文档和维护：及时编写系统文档，包括用户手册、系统架构和设计文档等。这有助于后续的系统维护和升级工作。
9. 定期备份：定期备份系统数据和配置文件，以防止数据丢失或系统故障时能够恢复到最近的可用状态。

综上所述，这些设置是构建一个稳定、安全、易用且高效的Java商城系统所必需的。通过综合考虑这些方面，可以确保Java商城系统能够满足业务需求，提供良好的用户体验，并具备良好的可扩展性和可维护性。