Java商城系统保证用户安全的方式包括使用HTTPS协议、加密敏感信息、使用安全的Session机制等。这些措施确保用户的个人信息和交易数据得到充分保护，从而维护用户的信任和系统的可靠性。以下是一些具体的实施方式：

1. 使用HTTPS协议：通过使用HTTPS协议来加密用户数据在网络中的传输，防止数据被窃听或篡改。
2. 加密敏感信息：对敏感的用户信息如密码、支付信息等采用加密算法进行加密存储，即使数据被盗取也难以解密。
3. 使用安全的Session机制：利用安全的Session机制来管理用户会话，确保会话数据的机密性和完整性。
4. 防止SQL注入：通过预编译的SQL语句和使用参数化查询来防止SQL注入攻击。
5. 防止XSS攻击：对所有用户输入进行适当的过滤和编码，以防止跨站脚本（XSS）攻击。
6. 使用验证码：在用户注册、登录等关键操作中使用验证码，以防止暴力破解尝试。
7. 定期更新和升级：及时关注相关软件和组件的安全公告，并及时更新和升级系统，以修复已知的漏洞并提高系统的安全性。

综上所述，Java商城系统通过一系列综合措施来保证用户安全，这些措施涵盖了数据传输、存储、会话管理、输入验证等多个方面。通过持续不断地做好风险管控工作，改进和更新安全措施，可以适应不断变化的安全威胁和保护用户信息的需求。